總體上來說凝膠成像可應用于：蛋白質、核酸、多肽、氨基酸、多聚氨基酸等其他生物分子的分離純化結果作定性分析。

（1）分子量定量

對于一般常用的DNA膠片,利用分子量定量功能,通過對膠上DNA Marker條帶的已知分子量注釋,自動生成擬合曲線,并以它衡量得到未知條帶的分子量。通過這種方法所得到的結果較肉眼觀察估計要準確很多。

（2）密度定量

一般常用的測定DNA(脫氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)濃度的方法是紫外吸收法,但它只能測定樣品中的總核苷酸濃度,而不能區(qū)分各個長度片段的濃度。利用凝膠成像系統(tǒng)和軟件,先將DNA膠片上某一已知其DNA含量的標準條帶進行密度標定以后,可以方便的單擊其他未知條帶，根據與已知條帶的密度做比較，可以得到未知DNA的含量。此方法也適用于對PA GE蛋白膠條帶的濃度測定。

（3）密度掃描

在分子生物學和生物工程研究中,zui常用到的是對蛋白表達產物占整個菌體蛋白的百分含量的計算。傳統(tǒng)的方法是利用的密度掃描,但利用生物分析軟件結合現在實驗室常規(guī)配備的掃描儀或者直接用白光照射的凝膠成像就能完成此項工作。

（4）PCR定量

PCR定量主要是指，如果PCR實驗擴增出來的條帶不是一條，那么可以利用軟件計算出各個條帶占總體條帶的相對百分數。就此功能而言，與密度掃描類似，但實際在原理上并不相同。PCR定量是對選定的幾條帶進行相對密度定量并計算其占總和的百分數，密度掃描時并對選擇區(qū)域生成縱向掃描曲線圖并積分。

凝膠成像系統(tǒng)更多的應用還有待于開發(fā)與系統(tǒng)升級